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    * Doctorat en philosophie microbiologie et immunologie et spécialisation bioinformatique

  Doctorat en philosophie microbiologie et immunologie et spécialisation bioinformatique

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      En bref

        * Grades universitaires offerts : Doctorat en philosophie (PhD)
        * Option de statut d’inscription : Temps complet
        * Langue d’enseignement : Anglais
        * Option d’étude (durée prévue du programme) : avec thèse (12 trimestres à temps complet, soit 48 mois consécutifs)
        * Unités scolaires : Faculté de médecine, Département de biochimie, microbiologie et immunologie. (disponible en anglais seulement)

      Description du programme

      Les programmes raffinent les habilités critiques et intellectuelles dans certains domaines et certains champs de spécialisation et préparent les candidats pour une variété de carrières d’enseignement et de recherche à l'intérieur et à l'extérieur du monde universitaire. Les diplômés du
      programme acquièrent une autonomie en recherche, et en rédaction d’articles scientifiques, grâce à des cours spécialisés, à des séminaires de recherche, et à une recherche indépendante débouchant sur une thèse.

      Le Département participe aux programmes pluridisciplinaires en bioinformatique (au niveau de la maîtrise) et en pathologie et médecine expérimentale (au niveau de la maîtrise et du doctorat).

      Le programme de doctorat participe au programme combiné de M.D. / Ph.D., qui permet aux étudiants d'obtenir un doctorat en microbiologie et immunologie et un diplôme de M.D. Pour de plus amples renseignements, voir le site de la Faculté de Médecine.

      Principaux domaines de recherche

        * La microbiologie
        * La biologie de l'hôte

      Autres programmes offerts dans la même discipline ou dans une discipline connexe

        * Doctorat en philosophie Microbiologie et immunologie (Ph.D.)
        * Doctorat en philosophie Microbiologie et immunologie Spécialisation en pathologie et médecine expérimentale (Ph.D.)

      Coût et financement

        * Le montant estimé des droits universitaires de ce programme est disponible sous la section Financer vos études.
        * Les étudiants internationaux inscrits à un programme d'études en français peuvent bénéficier d'une exonération partielle des droits de scolarité.
        * Pour des renseignements sur les moyens de financer vos études supérieures, veuillez consulter la section Bourses et appui financier.

      Notes

        * Les programmes sont régis par les règlements académiques en vigueur pour les études supérieures.
        * Conformément au règlement de l’Université d’Ottawa, les travaux, les examens, les mémoires, et les thèses peuvent être complétés en français ou en anglais. Les activités de recherche peuvent se dérouler soit en anglais soit en français soit dans les deux langues en fonction de la langue principale du professeur et des membres du groupe.

      Coordonnées du programme

      Bureau des études supérieures, Faculté de médecine

      451, chemin Smyth, pièce RGN 2016

      Ottawa, Ontario, Canada

      K1N 6N5

      Tél. : 613-562-5215

      Courriel : grad.med@uottawa.ca

      Pour connaître les renseignements à jour concernant les dates limites, les tests de langues et autres exigences d'admission, consultez la page des exigences particulières.

      Pour être admissible, vous devez:

        * Être titulaire d’une maîtrise ès sciences (M.Sc.) en microbiologie ou en immunologie (ou l’équivalent) avec une moyenne minimale de 75 % (B+).

      Note : Les candidats internationaux doivent vérifier les équivalences d’admission pour le diplôme obtenu dans leur pays de provenance.

        * Avoir un bon rendement scolaire tel que démontré par les relevés de notes officiels, les rapports de recherche, les résumés ou d’autres documents à l’appui démontrant une expérience de recherche.
        * Les exigences énoncées ci-dessus sont minimales. Le Comité d’admission se réserve le droit de modifier les exigences de programme d'études ou d'y ajouter tout cours qui sera considéré comme nécessaire, compte tenu de la formation préalable du candidat. Notamment, les cours BNF 5506 et/ou BNF 6500 pourraient être ajoutés.
        * Identifier au moins un professeur prêt à diriger votre recherche et votre thèse.
            + Il est recommandé de communiquer avec le directeur de thèse dès que possible.
            + Pour pouvoir vous inscrire, vous devez faire accepter votre candidature par un directeur de thèse.
            + Le directeur de thèse doit être membre du programme pluridisciplinaire.

      Exigences linguistiques

      Les candidats doivent comprendre et parler couramment la langue d'enseignement du programme dans lequel ils veulent s'inscrire. Une preuve de compétence linguistique peut être requise.

      Ceux dont la langue maternelle n'est ni le français ni l'anglais doivent fournir une preuve de compétence dans la langue d'enseignement.

      Note : Les coûts des tests de compétences linguistiques devront être assumés par le candidat.

      Notes

        * Les conditions d'admission décrites ci-dessus représentent des exigences minimales et ne garantissent pas l'admission au programme.
        * Les admissions sont régies par les règlements académiques en vigueur pour les études supérieures.
        * Il faut indiquer dans la demande initiale d'admission au programme de Ph.D. en microbiologie et immunologie qu'on veut être admis dans le programme pluridisciplinaire bioinformatique. Pour être admis, le candidat doit être admis au préalable au programme participant principal. Les étudiants seront normalement informés de leur admission au programme pluridisciplinaire en même temps que de leur admission au programme principal.
        * Il est fortement recommandé de contacter votre répondant avant de soumettre votre demande d’admission pour confirmer leur adresse électronique et leur disponibilité à compléter un formulaire de recommandation en votre nom.

      Passage accéléré de la maîtrise au doctorat

      Les étudiants inscrits au programme de maîtrise en Microbiologie et Immunologie à l’Université d’Ottawa ont la possibilité de passer directement au programme de doctorat sans avoir à rédiger la thèse de maîtrise dans la mesure où les conditions suivantes sont remplies :

        * Réussite du séminaire et des cours requis pour le diplôme de maîtrise.
        * Progrès satisfaisant dans le programme recherche.
        * Recommandation écrite du directeur de thèse ainsi que des membres du comité de thèse.
        * Approbation du comité des études supérieures.

      Note : Le passage doit avoir lieu dans les seize mois qui suivent l’inscription initiale à la maîtrise. À noter que les conditions minimales de moyenne d’admission au programme de doctorat doivent également être rencontrées.

      Les exigences à remplir sont les suivantes :

      Course List
        Code                                                                                    Title                                     crédits  
        Cours obligatoires : 1                                                                                                          
        MED 8566                                                                                Attitude et compétences professionnelles           
        3 crédits de cours optionnels en microbiologie et immunologie (MIC) de niveau gradué 2  3 crédits                               
        3 crédits de cours optionnels en microbiologie et immunologie (MIC) de niveau 8000 2    3 crédits                               
        Séminaires :                                                                                                                    
        BNF 8766                                                                                Séminaire en bioinformatique 3            3 crédits
        MIC 8366                                                                                PhD Seminar 4                             3 crédits
        Examen de synthèse :                                                                                                            
        MIC 9998                                                                                Examen de synthèse                                 
        Thèse :                                                                                                                         
        THD 9999                                                                                Thèse de doctorat 5, 6                             
        

        Note(s)

        1

        Les étudiants inscrits au programme de Ph.D. BNF qui ont déjà obtenu les crédits du cours BNF 5506 devront s’inscrire et réussir soit BCH5501, BCH 8110, BIO 8301, BNF 5107 ou CHM 8309.

        2

        Les crédits de cours optionnels doivent être approuvés par le Département.

        3

        Le cours de séminaires en bioinformatique demande l’élaboration d’un rapport écrit, la présentation d’un séminaire et une présence régulière aux séminaires départementaux.

        4

        Le séminaire comporte la présentation d'un séminaire et l'assiduité à la série de séminaires approuvés par le Département.

        5

        Présentation et soutenance réussies d'une thèse basée sur des travaux de recherche originaux effectués sous la direction immédiate d'un membre du corps professoral du Département.

        6

        L’étudiant est responsable de s’assurer de rencontrer les exigences relatives à la thèse.

        La recherche à l’Université d’Ottawa

        Située au cœur de la capitale du Canada, à quelques pas de la colline du Parlement, l’Université d’Ottawa se classe parmi les 10 meilleures universités de recherche au Canada. Notre recherche est fondée sur l’excellence, la pertinence et l’impact et s'effectue dans un esprit d'équité, de diversité et d'inclusion.

        Notre communauté de recherche se développe dans quatre axes stratégiques :

          * Créer un environnement durable,
          * Promouvoir des sociétés justes,
          * Façonner le monde numérique
          * Favoriser santé et bien-être tout au long de la vie.

        Qu'il s'agisse de faire progresser les solutions en matière de soins de santé ou de relever des défis mondiaux comme les changements climatiques, les chercheurs de l'Université d'Ottawa sont à l'avant-garde de l'innovation et apportent des contributions importantes à la société et au-delà.

        La recherche à la Faculté de médecine

        « La Faculté de médecine possède une longue feuille de route en recherche fondamentale et clinique de pointe. Bon nombre de nos projets de recherche de grande envergure sont réalisés en partenariat avec les hôpitaux d’enseignement affiliés et des instituts de recherche. Ces collaborations mènent à des découvertes biomédicales qui ont une grande incidence sur les soins de santé. Et en même temps, elles permettent de former la prochaine génération de scientifiques canadiens. Nos travaux de recherche attirent aussi d'importants investissements qui ne manquent pas de stimuler l'économie d'Ottawa. »

        - Dr Jocelyn Côté, vice-doyen à la recherche

        Les installations, les centres et les instituts de recherche à la Faculté de médecine

          * Centre de neurodynamique
          * Centre de recherche sur les maladies neuromusculaires de l'Université d'Ottawa
          * Centre de recherches biopharmaceutiques et biotechnologiques
          * Partenariat canadien pour le rétablissement de l'AVC
          * Centre de recherche sur les maladies du rein
          * Centre de compétences et de simulation de l’Université d’Ottawa
          * Institut d’innovation d’appareils médicaux
          * Institut de la biologie des systèmes d’Ottawa
          * L'Institut de recherche sur le cerveau

            Pour d’autres informations, veuillez consulter la liste des membres du corps professoral et leurs domaines de recherche sur Uniweb.

            IMPORTANT : Les candidats et les étudiants à la recherche de professeurs pour superviser leur thèse ou leur projet de recherche peuvent aussi consulter le site Web de la faculté ou du département du programme de leur choix. La plateforme Uniweb n’est pas représentative de l’ensemble du corps professoral autorisé à diriger des projets de recherche à l’Université d’Ottawa.

          Tous les cours ne sont pas nécessairement offerts chaque année. Les cours sont offerts dans la langue dans laquelle ils sont décrits.


          BNF 5106 Bioinformatics (3 units)

          Major concepts and methods of bioinformatics. Topics may include, but are not limited to: genetics, statistics & probability theory, alignments, phylogenetics, genomics, data mining, protein structure, cell simulation and computing.
          Course Component: Lecture


          BNF 5107 Applied Bioinformatics (3 units)
          Computational knowledge discovery in and the dynamic nature of cellular networks. Includes, but is not limited to, knowledge representation, large scale data integration, data mining and computational systems biology. This course is equivalent to BIOL 5516 at Carleton University.
          Course Component: Lecture


          BNF 5506 Bioinformatique (3 crédits)
          Concepts et méthodes en bioinformatique. Les sujets abordés peuvent inclure, entre autres, la génétique, les statistiques et les théories des probabilités, les alignements, la phylogénétique, la génomique et la structure de protéines.
          Volet : Cours magistral


          BNF 6100 MSc Seminar (3 units)
          Current topics in bioinformatics presented by program professors and invited speakers. Oral presentation and written report required. Graded S (Satisfactory) / NS (Not satisfactory).
          Course Component: Lecture


          BNF 6500 Séminaire de maîtrise (3 crédits)
          Sujets courants en bioinformatique présentés par des professeurs membres du programme et des conférenciers invités. Présentation orale et rapport écrit requis. Noté S (satisfaisant) ou NS (non satisfaisant).
          Volet : Cours magistral


          BNF 8166 Seminar in Bioinformatics (3 crédits)
          Current research topics in bioinformatics presented by PhD students and invited speakers. Oral presentation required. Graded S (Satisfactory) / NS (Not satisfactory).


          BNF 8766 Séminaire en bioinformatique (3 crédits)
          Sujets courants en bioinformatique présentés par des étudiants en PhD et des conférenciers invités. Présentation orale requise. Noté S (satisfaisant) ou NS (non satisfaisant).


          MIC 5100 Pathogen Interactions and Host (3 units)
          This course will examine current issues in microbiology/immunology. Topics to be chosen to allow discussion across the broad areas of virology, immunology and bacteriology. Within each of the modules, the focus will be on host-pathogen interactions at the molecular level, how microorganisms utilize, modify or disrupt host cell functions, including immune cell functions and immune responses, to establish infection and cause diseases, or on immunological diseases which may have an infectious component.
          Course Component: Lecture
          Prerequisite: At least one undergraduate course in microbiology and/or immunology and one course in molecular biology.


          MIC 5366 MSc Seminar (3 units)
          Attendance at two half-day symposia with guest speakers, attendance and participation in the annual BMI Student Symposium and BMI Poster Day, attendance at BMI seminars relevant to Microbiology and Immunology. Students must present at least one poster and one oral presentation during the course of their program. Graded S (Satisfactory) or NS (Not satisfactory).
          Course Component: Seminar


          MIC 6003 Thesis Research in Microbiology and Immunology III
          Volet / Course Component: Cours magistral / Lecture


          MIC 8120 ADVANCED TOPICS IN IMMUNOMETABOLISM (3 units)
          An advanced study of the recent literature dealing with the field of immunometabolism, with a focus on both immunometabolic pathways and the specialized techniques that allow for understanding chronic inflammatory/metabolic diseases, such as cancer, type 2 diabetes, obesity, atherosclerosis, neurodegeneration, etc.
          Course Component: Lecture

          MIC 8122 Advanced Topics in Immunology (3 units)
          Focus on cellular immunology, including thymocyte maturation, induction and regulation of cellular responses, immune responses to pathogens, immunological memory, tolerance. Student assessments to be conducted by two methods: weekly assessment of student presentations and participation in class discussions; assessment of take-home assignments such as completion of a research grant on a topic covered in the course. To be offered alternate years subject to sufficient demand.
          Course Component: Seminar
          Prerequisite: MIC 4125.


          MIC 8124 Advanced Topics in Cell Death (3 units)
          Molecular mechanisms of cell death. Particular attention to be paid to role of aberrant cell death in human disease. Offered in the Fall of odd numbered years.
          Course Component: Lecture


          MIC 8125 Special Topics in Microbiology and Immunology (3 units)
          Discussion of current topics in Microbiology and Immunology. Topics to vary from year to year depending on the interest of faculty members offering the course and students. Student assessments to be conducted by two methods: weekly assessment of student presentations and participation in class discussions; assessment of take-home assignments such as completion of a research grant on a topic covered in the course.
          Course Component: Lecture
          Prerequisite: Permission of the course coordinator.


          MIC 8126 Immunochemistry (3 units)
          Focus is on antigen structure of protein and carbohydrate antigens, receptor structure of B cells and T cells, structure of MHC molecules, accessory molecules and cytokine receptors and cell signalling pathways induced by the antigen and cytokine receptors. Student assessments to be conducted by two methods: weekly assessment of student presentations and participation in class discussions; assessment of takehome assignments such as completion of a research grant on a topic covered in the course. To be offered alternate years subject to sufficient demand.
          Course Component: Lecture
          Prerequisite: MIC 4125.


          MIC 8129 Current Topics in Haematopoietic Stem Cells and Immune Development (3 units)
          This course will focus on the haematopoietic system that gives rise to the many cell types o f the immune system. Topics to be covered include the developmental processes of embryonic stem cell differentiation into mesoderm and then into haematopoietic and non-haematopoietic progenitors; development of adult haematopoietic and immune systems; symmetric and asymmetric division of cells; intrinsic transcription factors and extracellular microenvironment factors regulating cell fate; immunological aspects of stemcell based therapy; new technologies and their use in the field, and experimental design.
          Course Component: Lecture
          Prerequisite: At least one undergraduate course in immunology or cell biology.


          MIC 8134 Structure and Expression of Eukaryotic and Prokaryotic Genomes (3 units)
          Sequencing of eukaryote and prokaryote genomes with emphasis on recent technologies, sequence alignments and databases and assembly of genomes from massively parallel sequencing data. Focus on mapping studies, including linkage disequilibrium-based genome-wide association study (GWAS), to characterize functional variants associated with complex traits. Analysis and structure of microbial metagenomes from environmental and human habitats, including structure-function analysis of microbial communities, microbiota-human disease correlations, and molecular phylogeny. Genome expression, including measures of RNA transcripts and proteins and statistical analysis of data. Combination of various-omics data to understand gene-environment interactions.
          Course Component: Lecture


          MIC 8236 Advanced Topics in Virology (3 units)
          An in-depth presentation of current topics in virological research. Topics will vary from year to year. To be offered every alternate year subject to sufficient demand.
          Course Component: Lecture


          MIC 8238 Advanced Topics in Bacteriology - Mechanisms of Pathogenesis (3 units)
          Recent advances and current topics in selected areas of bacteriology with emphasis on mechanisms of pathogenesis. Students present and discuss journal articles. Offered every alternate year subject to sufficient demand.
          Course Component: Lecture


          MIC 8241S Seminars II (2 crédits / 2 units)
          Every graduate student will be required to attend the weekly departmental seminars. Compulsory for all graduate students.
          Volet / Course Component: Cours magistral / Lecture


          MIC 8242S Seminars III (2 crédits / 2 units)
          Every graduate student will be required to attend the weekly departmental seminars. Compulsory for all graduate students.
          Volet / Course Component: Cours magistral / Lecture


          MIC 8243S Seminars IV (2 crédits / 2 units)
          Every graduate student will be required to attend the weeklydepartmental seminars. Compulsory for all graduate students.
          Volet / Course Component: Cours magistral / Lecture


          MIC 8244S Seminars V (2 crédits / 2 units)
          Every graduate student will be required to attend the weekly departmental seminars. Compulsory for all graduate students.
          Volet / Course Component: Cours magistral / Lecture


          MIC 8366 PhD Seminar (3 units)
          Attendance at two half-day symposia with guest speakers, attendance and participation in the annual BMI Student Symposium and BMI Poster Day, attendance at BMI seminars relevant to Microbiology and Immunology. Students will present a poster in their first and every alternate year, and an oral presentation the second and every alternate year until they have permission to write their thesis. Graded S (Satisfactory) / NS (Not satisfactory).
          Course Component: Seminar


          MIC 8401 Advanced Topics in Bacterial Genetics (3 units)
          Microbial genetic and genomic methods: origin, purpose and functioning. Analysis and use of genomes to study bacterial pathogenesis and host-microbe interactions.
          Course Component: Lecture
          Prerequisite: MIC 5224 or equivalent.


          MIC 8500 Special Topics in Health- Related Environmental Microbiology (3 crédits)
          Recent advances and current topics in selected areas of health-related environmental microbiology. Topics reflect student interest. Offered in alternate years subject to sufficient demand.
          Volet : Cours magistral
          Prerequisite: MIC 5500 or equivalent.


          MIC 8534 Structure et expression des génomes procaryotes et eucaryotes (3 crédits)
          Le séquençage des génomes eucaryotes et procaryotes, avec un accent particulier sur les technologies récentes, l'alignement des séquences et les bases de données, et l'assemblage des génomes à partir de données générées par séquençage haut débit. Les études de cartographie comparée incluant les études d'associations pangénomiques basées sur le déséquilibre de liaison pour caractériser les variantes fonctionnelles associées aux traits complexes. L'analyse et la structure de métagénomes microbiens issus d'habitats humains et environnementaux incluant l'analyse structurefonction des communautés microbiennes, les corrélations entre les maladies humaines et le microbiome ainsi que la phylogénie moléculaire. L'expression génique incluant les mesures de transcriptomes et de protéomes ainsi que l'analyse statistique des données. La combinaison des différentes données omiques pour comprendre les interactions gène-environnement.
          Volet : Cours magistral


          MIC 8700 Biology and Pathogenesis of HIV Infection (3 crédits)
          Biology and pathogenesis of Human Immunodeficiency Virus (HIV) infection. Genetics, replication, structure, regulation of gene expression, immunopathogenesis, antiviral therapy and vaccine development. Offered in alternate years subject to sufficient demand.
          Volet : Séminaire


          MIC 9998 Examen de synthèse / Comprehensive Examination
          Volet / Course Component: Recherche / Research

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